با اعلام سازمان لیگ فوتبال و رده های سنی پایه تیم های صعود کننده و صقوط کننده لیگ برتر جوانان کشور معرفی شدند و تیم هایی که به دلیل بودن در پایین جدول لیگ برتر جوانان و پایان مسابقات در فصل ۹۹-۹۸ شرایط سقوط به دسته یک کشور را دارند معرفی شدند. همچنین تیم هایی که در فصل گذشته در بالای جداول لیگ دسته یک کشور بودند به صورت مستقیم وارد لیگ برتر جوانان شدند که براساس برنامه سازمان لیگ در آینده به صورت دو گروه برگزار خواهد شد.
تیم های صعود کننده به لیگ برتر جوانان کشور
تیم های سقوط کرده
با سرمربیگری رسول علیزاده میتوان گفت تیم فوتبال جوانان ماشین سازی در دور اول مسابقات با برگزاری 8 بازی و کسب 12 امتیاز به دور دوم این مسابقات راه پیدا کرده بود که در مرحله دوم که به میزبانی شیراز و بصورت مجتمع برگزار گردید و در نهایت تیم جوانان ماشین سازی با کسب رتبه نخست به جمع شش تیم برتر این دوره از مسابقات راه پیدا نمود. تیم ماشین ساز شروع قدرتمندی در این لیگ داشت.